有机农田不能建房因其属于农用地，受法律严格保护。根据《土地管理法》，农用地转为建设用地需经严格审批。若未经批准擅自在农田上建房，将构成非法占地，面临行政处罚乃至刑事责任。当农田上出现违章建筑且未得到及时整改时，表明问题已较严重，应及时寻求法律帮助。
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从法律角度，针对不同情况处理在有机农田上建房问题的具体操作如下：
1. 若建房符合当地土地利用总体规划和城乡规划，且具备合法审批手续，可向县级以上人民政府土地行政主管部门申请农用地转用审批，将农田转为建设用地。
2. 若建房不符合规划或未取得合法审批手续，需立即停止建设，并自行拆除违章建筑。若拒不拆除，县级以上人民政府土地行政主管部门有权依法强制拆除，并处以罚款。
3. 在拆除违章建筑后，应恢复农田原状，确保农田的农业用途不受影响。同时，需加强土地监管，防止类似问题再次发生。
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从法律角度看，处理在有机农田上建房的问题常见方式有：一是申请农用地转用审批，将农田转为建设用地；二是拆除违章建筑，恢复农田原状。选择哪种方式需考虑实际情况，如建房是否符合规划、是否有合法审批手续等。若建房符合规划且可补办手续，可申请转用；若不符合规划或无法补办手续，则需拆除。