厂区吸烟被罚款1000元不合规。依据《劳动法》，工厂不能对劳动者进行罚款，罚款克扣工资属违法行为。若不及时处理，可能导致劳动者权益受损，引发劳动争议。
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常见处理方式是投诉或协商。面对厂区吸烟罚款，劳动者可向劳动行政部门投诉或先与工厂协商，根据具体情况选择最合适的处理方式，以维护自身权益。
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不合规，可投诉。具体操作：1.收集罚款证据；2.向工厂提出异议，要求解释罚款依据；3.若工厂无法提供合法依据，向劳动行政部门投诉，附上证据；4.等待行政部门调查处理，必要时可寻求法律援助。