公司用员工身份证办营业执照属违法行为。依据《公司法》等，此行为可能涉及非法经营，严重者可构成偷税。不及时处理，公司将面临法律制裁，员工个人信用也可能受损。
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公司此行为违法。处理方式：1. 收集证据，如员工身份证被冒用的证明；2. 向税务或工商部门举报，说明公司可能存在的偷税行为；3. 咨询律师，了解个人权益保护措施，避免个人信用受损。
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此问题常见处理方式为举报或咨询律师。若确认公司存在违法行为，应向税务或工商部门举报。若不确定，可先咨询专业律师，了解具体情况后再决定处理方式。